锐赛生物
靶标发现与功能验证基因操作和基因组编辑药物靶标开发生化/细胞水平验证高通量高内涵分析GPCR/核受体检测激酶检测体外药理学体外安全性评价药代动力学毒理学评价药代动力学/毒理学抗肿瘤药理评价代谢类和心脑血管疾病药理评价中枢神经系统药理评价炎症/自身免疫疾病药理评价体内药理学立项成果展示QPCRWB检测ELISA检测甲基化检测SNP检测高效液相色谱法(HPLC)蛋白质谱基因芯片核酸、蛋白分析服务目的基因的ORF克隆化学合成质粒载体构建siRNA的细胞转染及筛选技术服务shRNA载体构建及筛选技术服务RNAi病毒包装及筛选技术服务miRNA的表达载体构建及病毒包装载体构建及筛选服务chipchip-seqIPCO-IPRNA免疫共沉淀(RIP)RNA pull down免疫共沉淀实验服务慢病毒包装腺病毒包装细胞培养原代细胞分离干细胞诱导分化CCK-8检测流式周期检测流式凋亡检测流式分选细胞流式鉴定细胞表面抗体活性氧(ROS)检测线粒体膜电位检测transwell检测管腔形成实验细胞黏附实验细胞克隆形成实验细胞免疫荧光检测稳转株构建双荧光素酶检测细胞干性成球能力磁珠分选细胞MDA(丙二醛)检测酶活动力学检测HDA检测细胞实验服务常规化学染色免疫组化(IHC)免疫荧光(IF)原位杂交(ISH)荧光原位杂交(FISH)原位末端标记染色(TUNEL)组织样本处理拍照处理病理学检测服务裸鼠皮下成瘤(CDX模型)人源肿瘤移植模型(PDX模型)糖尿病/肥胖模型心血管类疾病模型肾脏疾病模型肝脏疾病模型炎症与自身免疫疾病模型呼吸系统疾病模型其他疾病模型动物实验服务u.cad癌症筛查检测全外显子组基因检测其他疾病基因检测生物信息数据分析服务肿瘤学领域研究平台病理学中心实验室心血管与代谢领域疾病研究平台炎症与自身免疫疾病领域研究平台特发肺纤维化疾病领域研究平台抗体药物一体化临床前研发平台药性评价平台POLOdeliverer3000CCK-8Annexin V-FITCAnnexin V-RFPECL 发光液细胞周期与凋亡检测自研试剂基因质粒病毒免费送细胞库动物饲料公司新闻案例库漂亮SCI科研转化成果价值金字塔三元悖论为客户赢得荣誉诚觅英才内部推荐加入我们留言板皇冠赌场我们推荐朋友SCI论文发表奖励制度科研资助促销活动

SNP 检测

SNP detection



实验原理


单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)是指基因组上单个核苷酸的变异,人类基因组平均每1000个就有一个SNP。它是由基因组DNA某一特定核苷酸位置上单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变,使得群体之间和个体之间产生了差异。其中转换和颠换发生频率较高,转换是指同型碱基之间的转换,即嘌呤与嘌呤、嘧啶与嘧啶间;颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间的替换。事实上转换的发生频率占多数,且CG序列上出现的SNP最为频繁,而且多是C转换为T(见图5.5),原因是CG中的C常因为甲基化自发地脱氨基后即成为T。


QQ图片3.png

图5.5SNP转换示意图(C转化为T)


技术应用


SNP作为第三代遗传标记,在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发辉了重要的作用。除医学研究外,SNP已逐渐涉及遗传学、生态学、作物育种众多邻域。研究对象也由人类扩展到有重要经济价值和研究价值的动植物、微生物等。


实验流程


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实物

数据信息

实验周期

客户提供

待测样本

待测序列SNP位点信息

5周

我们提供

基本实验步骤、测序报告


实验结果展示


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              5.6基因组DNA抽提电泳图                                        图5.7目的基因的PCR扩增电泳结果


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图5.8目的基因SNP测序结果


TROUBLESHOOTLNG


实验问题

原因

推荐解决方法

基因组DNA电泳条带弥散?

样本降解

重新抽提基因组DNA

无法扩增到目标条带?

PCR反应条件不佳

优化PCR反应条件,如提高酶量,降低退火温度。提高模板量等。

测序结果双峰或乱峰,无法分析?

样本不纯

PCR产物必须采用胶回收,确保无非特异性条带及引物残留。


常见问题FAQ


Q:常见的SNP测定方法有哪些,优缺点是什么?

常见方法

优点

缺点

PCR测序法

SNP分析的金标准,可发现未知SNP位点。

每个位点均需要PCR扩增测序,成本较高,工作量大周期长,不适合大样本做疾病关联分析,且容易发生交叉污染。

Taqman探针法

适合已知SNP位点、位点数量少、通量高的检测,结果直观清晰,实验闭管进行,因而减少了PCR污染的风险。

探针合成费用高,周期稍长,不能发现未知SNP位点。

PCR-RFLP

判断依据酶切后产生片段的大小和数目的变化,技术简便,价格便宜,仅使用已知SNP判断,事宜少量样本的实验室检测。

费时费力,灵敏度差;仅能检测有酶切位点的SNP,不能确定何种SNP,无酶切位点不能检测;需要凝胶电泳,DNA链二级结构容易造成人工假相,使结果出现偏差。

连接酶检测反应

适用于任何多态性位点,不需要人工引入酶切位点;分型准确,其准确度可达99%以上;检出率高,周期短。适宜100-3000个样品,1-20个位点。

需进行多重PCR,多重LDR以及

ABl3730XL检测。

芯片技术

与传统的仪器检测方法相比具有高通量、微型化、自动化、防污染等特点。

仅适用于全基因组SNP扫描,不适宜单个基因的SNP位点检测,精度低,价格昂贵。

飞行时间质谱

(MALDL-TOFMS)

检测速度快,理论上能分析单个碱基的变化。

纯物理加成易受到样本因素的多种干扰,精确度难以保证。适宜于已经优化的特定SNP检测,检测过程需要多点质控,否则精确度很低。

Lllmina光纤微

珠芯片技术

起始样品量要求很低,还能够检测多个感兴趣的区域,从而检出罕见的基因突变。

高通量SNP检测,用于SNP在全基因组

上的扫描分析,价格昂贵。

HRM技术

高通量、简单、快速、省钱、高灵敏度;闭管检测,避免污染造成的假阳性;扩增区内已知和未知SNP都能检测;灵敏度和精确度达到进100%。

目前仅有少数公司可以提供该项服务。



Q:如何提供待检测的SNP位点信息?

A关于SNP位点的分析,可根据参考文献给出RS号或者指定的一段基因序列,并标明SNP位点。以RS号rs1799946为例,可在NCBL网站SNP选项中搜索出相关位点信息如下:

A G C C T C T G T C A G C T C A G C C T C C A A A G

[A/G]AGCCAGCCTCTCCCCAGTTCCTGAA

HGVS Names:[NM_005218.3:c.-52G>A]

HGVS是Human Genome Variation Society(人类基因组变异协会)的简称,HGVS命名SNP法的规则是标出引用的核酸序列号(Reference Sequence,RefSeq)和SNP在该核酸序列中的位置,其中NM_005218.3是该核酸序列中的位置,G>A表示原始碱基是G,突变碱基是A。


Q:如何确定一个碱基的变异是突变还是SNP呢?

A人群中的变异几率大于等于1%则可称之为多态性,小于1%则为突变。通过群体样本的变异几率的数据分析可以判断是突变还是SNP


Q:纯合子、杂合子可否通过SNP测序法检测到?

A每个SNP只有两个等位基因,因此存在纯合子(是指同一位点上的两个等位基因相同的基因型个体,如AA)和杂合子(是指同一位点上的两个等位基因不相同的基因型个体,如Aa)的可能。通过测序所得的峰图结果可以分辨是纯合子还是杂合子,如图5.9所示:

图片3.png

图5.9纯合子和杂合子SNP测序结果示意图


参考文献

1. Erichsen HC,Chanock SJ. SNPs in cancer research and treatment.Br J Cancer 2004,90(4):747-51.

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