锐赛生物
靶标发现与功能验证基因操作和基因组编辑药物靶标开发生化/细胞水平验证高通量高内涵分析GPCR/核受体检测激酶检测体外药理学体外安全性评价药代动力学毒理学评价药代动力学/毒理学抗肿瘤药理评价代谢类和心脑血管疾病药理评价中枢神经系统药理评价炎症/自身免疫疾病药理评价体内药理学立项成果展示肿瘤个性化治疗项目QPCRWB检测ELISA检测甲基化检测SNP检测高效液相色谱法(HPLC)蛋白质谱基因芯片核酸、蛋白分析服务目的基因的ORF克隆化学合成质粒载体构建siRNA的细胞转染及筛选技术服务shRNA载体构建及筛选技术服务RNAi病毒包装及筛选技术服务miRNA的表达载体构建及病毒包装载体构建及筛选服务chipchip-seqIPCO-IPRNA免疫共沉淀(RIP)RNA pull down免疫共沉淀实验服务慢病毒包装腺病毒包装细胞培养原代细胞分离干细胞诱导分化CCK-8检测流式周期检测流式凋亡检测流式分选细胞流式鉴定细胞表面抗体活性氧(ROS)检测线粒体膜电位检测transwell检测管腔形成实验细胞黏附实验细胞克隆形成实验细胞免疫荧光检测稳转株构建双荧光素酶检测细胞干性成球能力磁珠分选细胞MDA(丙二醛)检测酶活动力学检测HDA检测细胞实验服务常规化学染色免疫组化(IHC)免疫荧光(IF)原位杂交(ISH)荧光原位杂交(FISH)原位末端标记染色(TUNEL)组织样本处理拍照处理病理学检测服务裸鼠皮下成瘤(CDX模型)人源肿瘤移植模型(PDX模型)糖尿病/肥胖模型心血管类疾病模型肾脏疾病模型肝脏疾病模型炎症与自身免疫疾病模型呼吸系统疾病模型其他疾病模型动物实验服务u.cad癌症筛查检测全外显子组基因检测其他疾病基因检测生物信息数据分析服务肿瘤学领域研究平台病理学中心实验室心血管与代谢领域疾病研究平台炎症与自身免疫疾病领域研究平台特发肺纤维化疾病领域研究平台抗体药物一体化临床前研发平台药性评价平台POLOdeliverer3000CCK-8Annexin V-FITCAnnexin V-RFPECL 发光液细胞周期与凋亡检测自研试剂基因质粒病毒免费送细胞库动物饲料公司新闻案例库漂亮SCI科研转化成果价值金字塔三元悖论为客户赢得荣誉诚觅英才内部推荐加入我们留言板皇冠赌场我们推荐朋友SCI论文发表奖励制度科研资助促销活动

免疫沉淀

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实验原理


染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是一种适用于研究蛋白质与生物体细胞中DNA相互作用的经典方法,这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段,研究体内转录因子和靶基因启动子区域直接相互作用的方法,对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决思路。

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技术原理


在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。


实验步骤



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适用研究


  1. 筛选调控蛋白在基因组上的结合靶点:针对转录因子、DNA/RNA聚合酶、转录复合物等调控因子蛋白进行特异性的富集,分离纯化与之结合的靶DNA片段并测序,分析筛选到准确有效的靶位点、靶基因数据

  2. 揭示差异化表观遗传变异的原理:通过对不同表型组织内组蛋白、转录因子蛋白及其他结合蛋白进行染色质免疫共沉淀测序并定量分析靶基因表达调控水平或针对同种组蛋白进行甲基化、磷酸化、泛素化修饰所导致的结合位点变异进行分析,即可准确揭示差异化表观变异原理;

  3. 研究表观遗传变异疾病:借助染色质免疫共沉淀测序技术结合生物信息分析揭示由蛋白与DNA相互作用变异而引起的疾病的原理,明确表观遗传修饰在癌症等表观遗传变异疾病的发生发展过程中的具体作用机制。


提供结果

ChIP-DNA:分布在100~500bp范围,且主要片段在~250bp;

总量≥5ng;

Input率;

阴性对照抗体对目的片段的富集程度小于检测抗体2倍以上。


样品要求

目的基因或转录因子的相关背景资料;

植物:整株植株、新鲜组织液氮速冻样本(2~5g),取样后用锡箔纸包裹并标注,立即液氮速冻;

动物/微生物:菌体/细胞系、低脂肪含量组织液氮速冻样本(细胞数大于5×106个);

抗体:进口IP级别抗体/非商业化标准抗体(需检测),或者由爱基生物提供;

样品运输:干冰运输,建议用灭菌的样品袋或LoBind 管,parafilm将管口密封好。


服务周期

15个工作日


经典案例

ChIP-seq揭示转录应激状态下有丝分裂期与周期中细胞染色质动态变化对处于分裂期和间期的人类K562白血病细胞系细胞分别进行了42℃ 30min处理和不进行温度处理,之后针对热休克因子蛋白(Heat Shock Factors)HSF1和HSF2进行了染色质免疫共沉淀测序。
染色质免疫共沉淀测序的相关参数:每种样本进行了重复10次ChIP富集,采用高通量测序测序,平均25M reads。


                             201501112206472492.jpg                                          图1. HSF1和HSF2在特定基因上的富集状态    


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   图2. ChIP测序数据统计


在处于常温下的分裂间期细胞中检测到HSF1的45个和HSF2的148个结合位点(target sites),而在热刺激下分裂间期细胞中HSF1和HSF2的结合位点则多达1242个和899个;处于分裂期的细胞中:HSF2在常温状态和热刺激状态下的结合位点分别为50个和545个,而HSF1在常温状态下只与启动子HSPA1B/ HSP70.2结合,在热刺激下检测到35个结合位点。HSF1在热诱导下结合的启动子有: HSPA1A/HSP70.1, HSPA1B/HSP70.2,HSPH1/HSP110, MRPS6和DNAJB6(HSF1和HSF2在特定基因上的富集状态如图1.所示)。分析HSF1和HSF2的富集状态发现二者结合启动子区域的程度要高于在编码序列区域的结合程度。HSF1和HSF2显著的结合在PRKCA、PRKCB和KCNN1的内含子、外显子和间隔区以及HSPB1/HSPB27间隔区上游。同时,针对伴侣基因(Chaperone Gene)的启动子区域的HSF1和HSF2的ChIP-seq数据统计和特定基因的表达产物(图2.)发现二者共同特异性的结合一些特定的伴侣基因的启动子上,如HSPA1A/HSP70.1,HSPC/HSP90,HSPB1/HSP27和DNAJB1/HSP40 (4, 17, 26, 27)。鉴定出了HSF1和HSF2在细胞周期中的特异性调控的靶基因,并设计后续实验验证HSF2极有可能是一种细胞表观遗传差异的调控因子。


参考文献
1.Anniina Vihervaara, et al. Transcriptional response to stress in the dynamic chromatin

environment of cycling and mitotic cells.PNAS110: E3388-E3397(2013).



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